你身體里藏有多少“垃圾DNA”？它們的任務(wù)很神秘

生活中，什么是垃圾，為人熟知；而在人類(lèi)基因探秘征途中，哪些DNA是垃圾、有沒(méi)有垃圾DNA，科研人員莫衷一是。

“有一點(diǎn)可以肯定，‘垃圾DNA’絕不是垃圾?！蔽錆h科技大學(xué)生物醫(yī)學(xué)研究院教授顧潮江說(shuō)，對(duì)人類(lèi)基因的研究存在階段性認(rèn)知和判斷，“知之為知之，不知為不知，是智也?！笨茖W(xué)探索亦如此。長(zhǎng)期以來(lái)，有關(guān)“垃圾DNA”的研究成果層出不窮，相互之間既有佐證也有背離，逐步解開(kāi)“垃圾DNA”基因奧妙所在。

圖片來(lái)源：視覺(jué)中國(guó)

“垃圾DNA”認(rèn)知與技俱進(jìn)

“垃圾DNA”名稱(chēng)，從英文“Junk DNA ”直譯而來(lái)，其概念最初由日本遺傳學(xué)家大野乾提出，以描述基因組中不能夠編碼蛋白質(zhì)的DNA序列。

顧潮江介紹，根據(jù)早期定義，人類(lèi)基因中負(fù)責(zé)編碼蛋白的基因數(shù)目?jī)H4萬(wàn)個(gè)，只占基因組的2%，其他98%均被列為“垃圾DNA”。

伴隨科研進(jìn)步，“垃圾DNA”現(xiàn)在泛指基因組序列中沒(méi)有編碼功能，既不生成RNA也不產(chǎn)生蛋白質(zhì)的片段，包括多種類(lèi)型的“Non-coding DNA，非編碼DNA”。它們?cè)谌祟?lèi)基因組中以重復(fù)序列形式廣泛存在，結(jié)構(gòu)上分為散在重復(fù)序列、串聯(lián)重復(fù)序列和片段重復(fù)序列，根據(jù)重復(fù)次數(shù)可以分為中度重復(fù)序列和高度重復(fù)序列。

早在2003年，ENCODE (The Encyclopedia of DNA Elements)計(jì)劃啟動(dòng)，吸引全球400多名科學(xué)家參與。該計(jì)劃在人類(lèi)基因組計(jì)劃描繪出人類(lèi)基因組圖譜基礎(chǔ)上，研究各基因的功能信息，建立生物功能性基因目錄。該計(jì)劃研究結(jié)果顯示，人類(lèi)基因組中80%的區(qū)域具有一定生化功能。

而美國(guó)休斯頓大學(xué)生物和生化教授丹·格拉烏爾在最新一期《基因組生物學(xué)與進(jìn)化》雜志發(fā)表論文稱(chēng)，利用全新模型對(duì)人類(lèi)基因組中功能性基因進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，發(fā)現(xiàn)功能性基因占比最多只有25%，其他基因都是所謂的“垃圾DNA”，即無(wú)用甚至有害的DNA。

顧潮江認(rèn)為，這個(gè)研究不僅“推翻”ENCODE的結(jié)論，還將引導(dǎo)科研人員重新聚焦人類(lèi)基因組研究。

認(rèn)知與技俱進(jìn)，那么“垃圾DNA”到底從何而來(lái)？

已有研究表明部分“垃圾DNA”起源于病毒，并能調(diào)節(jié)人體免疫系統(tǒng)。研究人員發(fā)現(xiàn)，在這個(gè)過(guò)程中，一類(lèi)被稱(chēng)為“轉(zhuǎn)座元件”的＂垃圾DNA＂起到重要作用。

轉(zhuǎn)座元件是那些可在基因組中移動(dòng)的DNA片段，看上去是病毒或細(xì)菌等病原體遺留的產(chǎn)物，經(jīng)過(guò)數(shù)百萬(wàn)年進(jìn)化，融入人類(lèi)基因組。

顧潮江介紹，占人類(lèi)基因組10%的串聯(lián)重復(fù)序列，主要分布在非編碼區(qū)，少數(shù)位于編碼區(qū)。編碼區(qū)中的串聯(lián)重復(fù)序列與功能有關(guān)，非編碼區(qū)的串聯(lián)重復(fù)序列多分布在間隔DNA或內(nèi)含子，重復(fù)單位短的僅2bp，長(zhǎng)的可達(dá)數(shù)十堿基對(duì)，重復(fù)次數(shù)少則數(shù)次、多則幾百次。重復(fù)序列的重復(fù)次數(shù)不同，是形成DNA長(zhǎng)度多態(tài)性的基礎(chǔ)。

同時(shí)，也有研究表明“垃圾DNA”因染色體不對(duì)稱(chēng)分配優(yōu)先遺傳給后代。2017年，一篇發(fā)表在Science的文獻(xiàn)表明，“垃圾DNA”來(lái)源是由于染色體的不對(duì)稱(chēng)分配。該研究顯示，兩條姐妹染色體的著絲粒在雌性減數(shù)分裂過(guò)程中相互競(jìng)爭(zhēng)以獲得遺傳，而著絲粒重復(fù)序列是人類(lèi)基因組中最豐富的非編碼DNA，具有更多重復(fù)拷貝和更多動(dòng)粒蛋白的“強(qiáng)”著絲粒被優(yōu)先遺傳給后代。

功能識(shí)別已現(xiàn)冰山一角

“垃圾DNA”中大量重復(fù)DNA序列，能形成特殊的DNA高級(jí)結(jié)構(gòu)，并以此調(diào)節(jié)附近基因的活性。一些控制基因開(kāi)和關(guān)的特殊蛋白(轉(zhuǎn)錄因子)能特異識(shí)別基因附近的非編碼“垃圾DNA”，通過(guò)與它們相互作用參與基因的抑制與激活。

顧潮江說(shuō)，這些“垃圾DNA”可以視為基因的“分子”開(kāi)關(guān)。

近日，美國(guó)科學(xué)家分析了11個(gè)人類(lèi)組織中330個(gè)源于Alu（高度重復(fù)序列）基因組的外顯子，鑒別出許多令人感興趣的表達(dá)和功能特性的外顯子，Alu是靈長(zhǎng)類(lèi)特異性的反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子，通過(guò)它們制造外顯子可能有助于形成靈長(zhǎng)類(lèi)的獨(dú)特特性。

另有證據(jù)表明，“垃圾DNA”可通過(guò)合成調(diào)節(jié)性RNA發(fā)揮功能。它們能被轉(zhuǎn)錄為小分子RNA，可以控制蛋白質(zhì)表達(dá)，如RNA介導(dǎo)的基因沉默過(guò)程稱(chēng)為RNA干擾，還能激活或者抑制基因的表達(dá)，協(xié)助非常復(fù)雜的細(xì)胞分裂、分化等生理現(xiàn)象。

顧潮江介紹，若將這種方法用于醫(yī)學(xué)上，可使癌癥基因沉默，意義重大。還有研究表明，“垃圾DNA”有可能改變基因組裝方式。

此前，美國(guó)北卡羅來(lái)納大學(xué)研究人員發(fā)現(xiàn)：一些“垃圾DNA”中的小片段遺傳序列告訴基因如何剪接，或提高或抑制剪接過(guò)程，從而改變基因組裝方式。

更為重要的是，“垃圾DNA”從多個(gè)方面影響人類(lèi)生活，涉及免疫系統(tǒng)疾病、腫瘤發(fā)生、神經(jīng)系統(tǒng)疾病及發(fā)育甚至長(zhǎng)相等。

德國(guó)馬克斯·普朗克研究所、英國(guó)牛津大學(xué)等機(jī)構(gòu)科學(xué)家合作發(fā)現(xiàn)，化療之后，骨髓中造血干細(xì)胞會(huì)利用“垃圾DNA”轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生RNA分子增強(qiáng)活化，產(chǎn)生新鮮細(xì)胞，促進(jìn)血液再生。

研究人員還發(fā)現(xiàn)，隨著個(gè)人基因組測(cè)序人數(shù)迅速增加，解讀它們基因組中的突變、尤其是非編碼區(qū)突變時(shí)，最近在“垃圾DNA”區(qū)域中找到近百個(gè)乳腺癌與前列腺癌的潛在“導(dǎo)火索”，預(yù)示“垃圾DNA”可作為潛在癌癥病源。還有研究人員表示，已在霍奇金淋巴瘤內(nèi)證明了“垃圾DNA”在何種情況下能夠保持活性，從而加快腫瘤生長(zhǎng)速度。

與上述觀點(diǎn)不同的是，巴斯大學(xué)和劍橋大學(xué)的研究人員研究發(fā)現(xiàn)，位于基因間的“垃圾DNA”可以轉(zhuǎn)錄形成非編碼RNA，而這一過(guò)程可以阻斷細(xì)胞癌化。

此外，美國(guó)科研人員開(kāi)發(fā)了一種新的生物信息學(xué)方法，用于從測(cè)序數(shù)據(jù)中識(shí)別和確定從頭串聯(lián)重復(fù)序列突變（簡(jiǎn)稱(chēng)新生TR突變），并對(duì)患有ASD（孤獨(dú)癥譜系障礙）的先證者和未患病手足中的新生TR突變進(jìn)行全基因組特征分析。發(fā)現(xiàn)在ASD先證者中全基因組范圍內(nèi)均存在大量新生TR突變，在胎兒大腦調(diào)節(jié)區(qū)域更為富集，且預(yù)計(jì)在進(jìn)化上更具危害性。

撥云見(jiàn)霧更多謎團(tuán)待解

近日，一篇刊登在國(guó)際雜志Neuron上的研究報(bào)道稱(chēng)，發(fā)現(xiàn)被認(rèn)為是“垃圾DNA”的反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子LINE-1在精神分裂癥患者的大腦中水平很高，且可以修飾與精神分裂癥相關(guān)的基因的表達(dá)情況，因此，研究人員推測(cè)其可能是引發(fā)精神分裂癥發(fā)生的主要原因。

同時(shí)，將這部分“垃圾DNA”置于引發(fā)精神分裂癥的遺傳因子下研究，利用全基因組學(xué)分析，研究人員發(fā)現(xiàn)在精神分裂癥患者中，LINE-1可以插入到與突觸功能相關(guān)的基因中，使其正常功能被破壞，故而認(rèn)為該“垃圾DNA”或是引發(fā)精神分裂癥的罪魁禍?zhǔn)住?/p>

顧潮江介紹，國(guó)外研究團(tuán)隊(duì)在發(fā)育分子機(jī)制研究中，發(fā)現(xiàn)在發(fā)育期間，來(lái)自“垃圾DNA”轉(zhuǎn)錄的微RNA(microRNA， miRNA)在這種細(xì)胞與胚層分配過(guò)程中發(fā)揮著重要作用。悉尼雪梨百年研究所的研究人員通過(guò)新一代基因測(cè)序技術(shù)和復(fù)雜的計(jì)算機(jī)分析技術(shù)揭示，特定的白細(xì)胞如何使用非編碼的DNA來(lái)調(diào)節(jié)一系列控制形狀和功能的基因的活性。

十分有趣的是，美國(guó)勞倫斯伯克利國(guó)家實(shí)驗(yàn)室的研究人員發(fā)現(xiàn)，“垃圾DNA”中有一些序列片段，可以像開(kāi)關(guān)或放大器一樣影響臉部基因的作用。眼睛或大或小、鼻子是否挺拔、頭顱形狀等，可能都與這些被稱(chēng)為“增強(qiáng)子”的序列片段密不可分。

見(jiàn)一葉而知秋，撥云見(jiàn)霧，面對(duì)“垃圾DNA”還有哪些疑問(wèn)亟待解答？

顧潮江說(shuō)，隨著后基因組時(shí)代到來(lái)，“垃圾DNA”解讀得益于測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步。第二、三代測(cè)序技術(shù)極大地提高測(cè)序通量，可以一次性完成從數(shù)十萬(wàn)到數(shù)百萬(wàn)的DNA分子測(cè)序，使得對(duì)一個(gè)物種的基因組和轉(zhuǎn)錄組深度測(cè)序變得方便易行，為“垃圾DNA”解讀提供了技術(shù)支撐。

目前，伴隨越來(lái)越多有功能的“垃圾DNA”被認(rèn)識(shí)和鑒定，實(shí)際意義上的“垃圾DNA”將會(huì)越來(lái)越少。

顧潮江認(rèn)為，今后或應(yīng)將繼續(xù)深度分析大量重復(fù)序列（“垃圾DNA”）在以下十個(gè)方向中的功能，即DNA復(fù)制的調(diào)控，轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)，為遺傳物質(zhì)的程序性重排標(biāo)記位點(diǎn)，影響染色體的正常折疊和維持，控制染色體與核膜的相互作用，控制RNA加工、編輯和剪接，調(diào)制翻譯，調(diào)節(jié)胚胎發(fā)育期，DNA修復(fù)和幫助對(duì)抗疾病。

顧潮江說(shuō)，不久前，法國(guó)蒙彼利埃大學(xué)克里斯托弗·格魯納、德國(guó)吉森大學(xué)克里斯托弗·格里維爾丁等人在《基因組生物學(xué)與進(jìn)化》雜志發(fā)表論文稱(chēng)，“垃圾DNA”的時(shí)代已經(jīng)結(jié)束。與此同時(shí)，隨著生命科學(xué)不斷發(fā)展，人們也逐漸意識(shí)到“垃圾DNA”不再垃圾。

“隨著技術(shù)更新和研究深入，‘垃圾DNA’中會(huì)產(chǎn)生越來(lái)越多的功能序列?！鳖櫝苯瓐?jiān)定的表示。

◎ 科技日?qǐng)?bào)記者 吳純新 通訊員 程毓

來(lái)源：科技日?qǐng)?bào)

編輯：張琦琪

審核：朱麗

終審：劉海英