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退過學、辭過職,90后小伙科研為愛好做科研,成果登上Science

返樸
原創(chuàng)
溯源守拙·問學求新?!斗禈恪?,科學家領航的好科普。
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他從小就喜歡觀察昆蟲,尤其迷戀蝴蝶,全家上下為他制作捕捉昆蟲的網兜。長大之后,他輾轉四國求學,并發(fā)現(xiàn)了調控蝴蝶翅膀顏色的奧秘,相關論文發(fā)表在12月6日的Science上。

撰文 | 路飛

從本科到讀博,然后再做博士后,田申換過四個國家,先后在澳大利亞、日本、新加坡和美國的著名高校中學習、研究。唯一不變的,是他對蝴蝶的迷戀。

特別是蝴蝶翅膀的顏色,在陽光下可以折射出斑斕的光芒,從深沉的藍到熱烈的紅,從神秘的紫到耀眼的金,這些色彩,如同隱藏在翼翅間的秘語,訴說著生命的奧秘。這些顏色并非單純?yōu)榱搜b飾,它們是蝴蝶與環(huán)境交互的結果,是自然選擇的杰作,也是生物適應性的體現(xiàn)。

12月6日,新加坡國立大學博士后田申,以第一作者的身份在Science發(fā)表研究性論文,揭示了調控蝴蝶翅膀顏色的奧秘。

美東時間早上8點,《返樸》與田申進行了連線。打開攝像頭,對方露出了靦腆的笑容,他笑著說,“沒關系,我不緊張?!?/p>

田申丨圖源:本人提供

五年磨一劍

2019年8月,田申托著行李箱來到新加坡國立大學,自此擰緊了博士征程的發(fā)條。用他的話來說,“這五年從來不敢休息,直到我博士畢業(yè),才和父母見面,且還是父母過來找我?!?/p>

食堂、宿舍、實驗室,是田申的三點一線。他在新加坡國立大學Antonia Monteiro實驗室的課題,聚焦在鱗翅目(蝴蝶與蛾)翅膀圖案多態(tài)性的遺傳、發(fā)育與進化機理。

在生物學中,多態(tài)性是指在多變的環(huán)境中,生物在同一自然種群中具有不同的形態(tài),如英國樺尺蛾“工業(yè)黑化”的經典案例。

這個案例在高中生物課本上講過:英國工業(yè)革命之前,樺尺蛾大多為白色,以便與樹干上白色的地衣融為一體。工業(yè)革命之后,隨著污染的增加,煤煙殺死了地衣,熏黑了樹干,導致白色的樺尺蛾暴露在黑色的環(huán)境中而更容易被鳥捕食。此時,一種黑色的樺尺蛾在種群中出現(xiàn)。由于在被煤煙污染的環(huán)境中,黑色型更隱蔽、更不易被捕食者發(fā)現(xiàn),在短短的幾十年時間里,它們迅速占領整個種群。

多態(tài)性的產生是由于DNA序列的改變,使同一基因座上產生多個等位基因,從而產生不同的表型。黑化后的樺尺蛾之所以能夠一代代遺傳下來,就涉及到了多態(tài)性。

除樺尺蛾之外,還有許多相隔1億年進化歷程的蝴蝶與蛾都存在類似的翅膀顏色多態(tài)性,例如枯葉蛺蝶的葉形擬態(tài)、家蠶的黑白色型等。

在鱗翅目翅膀圖案多態(tài)性的研究中,有一個進化熱點的基因組區(qū)域。

這個基因組區(qū)域圍繞一個叫“cortex”的蛋白質編碼基因。過去十多年,大量的全基因組關聯(lián)分析發(fā)現(xiàn),在鱗翅目昆蟲1億年的進化歷程中,與黑色素相關的翅膀圖案多樣性的形成都與這個基因組區(qū)域脫不了關系。因此一直以來,科學家們認為cortex是此基因組區(qū)域中控制黑色素產生與否的關鍵基因。

然而,全基因組關聯(lián)分析只能通過統(tǒng)計學方法找到與不同翅膀顏色相關聯(lián)的基因組區(qū)域,但不能準確判斷其中哪個基因在控制顏色。

大量自相矛盾的證據讓人懷疑,cortex是否真的是控制黑色素形成的關鍵?比如敲除了cortex基因之后,只有10%左右的個體出現(xiàn)明顯差異。這啟發(fā)了田申,他開始測試該基因組區(qū)域中除cortex以外其他一些基因的功能,包括之前一直被忽略的非編碼基因miRNA——這到了田申的研究“舒適區(qū)”,“當我博士開始研究鱗翅目翅膀圖案的發(fā)育進化機理時,我就下意識地關注到在這個熱點基因組區(qū)域中,cortex這個基因旁邊其實就有miRNA,卻一直被人忽略?!?/p>

miRNA是小分子非編碼RNA,它們雖然不像大多數基因那樣編碼蛋白質,但它們通過抑制靶基因的表達在基因調控中發(fā)揮著重要作用。

在這項研究中,田申發(fā)現(xiàn)了一個緊鄰cortex基因的miRNA - mir-193。于是,他使用基因編輯工具CRISPR-Cas9在三種深度分化的蝴蝶中敲除了mir-193。研究發(fā)現(xiàn),敲除mir-193 之后,非洲偏瞳蔽眼蝶(Bicyclus anynana)、東方菜粉蝶(Pieris canidia)和玉帶鳳蝶 (Papilio polytes)中黑色和深色的翅膀顏色消失了,只留下白色/淺色。

敲除mir-193前后蝴蝶顏色對比 丨圖源:論文

而敲除同一基因組區(qū)域中的包含cortex在內的其他四個蛋白質編碼基因,并不會影響翅膀顏色。對照實驗表明,mir-193才是鱗翅目昆蟲中控制黑色素翅膀顏色圖案多態(tài)性的關鍵,而非cortex或任何其他附近的蛋白質編碼基因。

由于mir-193不僅存在于在鱗翅目昆蟲,也存在于整個動物界包括人類,為了擴大研究結果的普適性,于是團隊聯(lián)合密歇根大學在非鱗翅目昆蟲——果蠅中測試了mir-193的功能。令人驚訝的是,在果蠅中mir-193也能控制黑色生成,這表明mir-193甚至能控制鱗翅目昆蟲之外生物的顏色。

“這項研究參與人員其實很多,我與Antonia Monteiro同實驗室的成員,以及日本東京大學程久美子實驗室(田申在此讀碩士)、藤原晴彥實驗室,以及美國密歇根大學Patricia Wittkopp實驗室都有合作?!?/p>

保衛(wèi)蝴蝶,保衛(wèi)文章

田申在講座丨圖源:本人提供

為什么說田申這五年一刻也不敢休息呢?

因為他要保衛(wèi)蝴蝶,保衛(wèi)文章。

2020年,實驗室的蝴蝶被真菌感染,陸續(xù)死了一批,導致很多研究只能擱置,寫了一半的文章停在那里。盡管實驗室進行了幾次衛(wèi)生消毒,但是蝴蝶還是一批一批地死。幸運的是,田申的蝴蝶安然無恙,但是這群“小精靈”讓他整天提心吊膽。

于是他打算給蝴蝶“挪窩”,恰好一個印度裔的教授在同一樓層有一個空房間,田申請求對方借來一用?!岸嗵澚怂?,我在文章的最后特地向這個教授表達了感謝?!?/p>

接下來,田申每天從宿舍出發(fā),第一件事是“趁著自己還沒被污染”,先到這個借來的房間處理相關實驗;處理完畢之后,再回到自己的實驗室完成其他事項。晚上回到住地,第一件事就是把自己“洗干凈”,避免第二天污染蝴蝶。

放假期間,田申成了實驗室的“留守實驗員”,兼顧著幫忙照料同門的實驗蝴蝶。所幸在他的看護下,這些蝴蝶都存活了下來。

當田申在新加坡進行緊鑼密鼓的實驗時,美國兩支研究蝴蝶的團隊也在同樣的研究領域取得了重大突破。他們在同一個熱點基因組區(qū)域發(fā)現(xiàn)長鏈非編碼RNA“ivory”也能調控黑色素生成。

“學界的氛圍還是比較包容開放的,當我們得知對方也在研究的時候,三個實驗室約定今年2月份同時發(fā)了一版預印本。他們這兩篇文章分別在8月和10月發(fā)表在PNAS(美國科學院院刊)上,我還去祝賀了一波?!碧锷曜孕诺卣f,“但是我確定我們的工作更加詳盡完善?!?/p>

后續(xù)田申研究發(fā)現(xiàn)ivory其實是mir-193的前體,這里還有一個有趣的插曲。當時田申既想補充一項額外的實驗充分證明“ivory是mir-193的前體”,又想盡快把這篇文章先發(fā)出去,拿不定主意,就去找導師商量,最終決定先投期刊,然后用第一輪審稿的時間完成補充實驗。

“我認為我補的實驗對于支持某個結論非常重要,所以就算審稿人沒有提出,我也希望在后續(xù)審稿的過程中把這個結果加上,因為我喜歡做自己文章的審稿人,我希望我的作品滴水不漏。”

果然第一輪審稿結束之后,三個審稿人對這項成果都給予了高度評價。其中有一個審稿人提出希望補充一項實驗,直接證明mir-193的前體是ivory,如此整個證據鏈就會更完整。

其實在此之前,田申已經做完了補充實驗,所以拿到審稿意見之后,他很快返回了二稿,“我甚至都擔心審稿人會不會覺得我們弄虛作假。”田申笑道。

文章很快被接收,審稿人對文章評價極高,“這將在蝴蝶翅膀圖案領域產生重大影響,并且更廣泛地對進化發(fā)育學產生影響,為該主題的一系列新研究奠定基礎?!薄斑@項研究警示了在全基因組關聯(lián)分析研究中不能只關注蛋白質編碼基因?!?/p>

從小爺爺給我做捕網

田申1993年出生于河北秦皇島,從幼兒時期就對昆蟲極其感興趣。當別的孩童還在因為玩具哭鬧時,他可以一個人興致盎然地在小花壇里盯著蝴蝶、蛾子待上半天。父母見他搞一身泥土不但不責怪,還會給他買很多圖文并茂的書籍和蝴蝶標本。

因為母親常駐日本,父親忙于銀行工作,他從小跟著爺爺奶奶生活。爺爺給他做了很多捕捉蝴蝶的網兜,一開始是用竹竿,不知道被玩壞了多少根,后來干脆直接換成鋼管,“根本拎不動”。

直到讀高中,生物仍然是他最喜歡的學科?!白鲎鳂I(yè)的時候時常把生物作業(yè)放在最后做,就像好吃的東西總想留到最后吃”。2012年6月,田申考上了南開大學,生物學是板上釘釘的第一志愿,結果事與愿違,錄取了第二志愿——口腔醫(yī)學。

沒有讀上心儀的生物學專業(yè),這讓田申十分沮喪。于是入學兩個月后,他果斷選擇退學,全力備考雅思,申請國外的學校。次年2月,田申赴澳洲讀生物學專業(yè),最終在澳大利亞國立大學獲得理科學士學位。囿于常年與母親聚少離多,在考慮碩士學校時,他選擇了日本東京大學,在程久美子實驗室,從事miRNA研究。

在日本,碩士課程被稱為“博士前期課程”,通常為期2年。完成碩士課程后,學生可以繼續(xù)進行“博士后期課程”,這通常為期3年,相當于中國的博士學位課程。

碩士畢業(yè)那會兒,田申并不確定繼續(xù)讀博還是工作,就一邊申請博士,瞄著世界上有名的“蝴蝶實驗室”;一邊也申請了業(yè)界的職位。結果,他拿到了東京大學、劍橋大學、新加坡國立大學的入學offer,一家戰(zhàn)略咨詢公司也遞來橄欖枝。

考慮到博士入學時間較晚,田申決定先入職咨詢公司,成為一名高薪體面的白領。一天到晚漂浮在高空中的格子間,端著咖啡,對著電腦,如果向遠處眺望,還可以看到皇宮,這樣的生活豈不美哉?但田申對這般生活無所適從,“只有試錯之后,我才知道自己真正熱愛的是科研?!?/p>

在工作3個月后,田申下定決心讀博。但在東京大學、新加坡國立大學、劍橋大學之間做出選擇,也讓田申十分糾結。

2019年7月,田申收到了新加坡國立大學導師Antonia Monteiro的郵件,大意是“8月即將開學,你什么時候到校?”于是在一個風和日麗的周六,田申打電話與父母商量,最終決定辭去做了4個月的咨詢工作,去新加坡讀博。

Antonia Monteiro是葡萄牙人,藝術細胞豐富,同樣癡迷于蝴蝶。在她家的一面墻壁上,設計了馬賽克瓷磚拼接成的蝴蝶翅膀圖案,這一點讓田申十分著迷。其實他從小就接受美術訓練,在初中時,便與藝考生一起上培訓課,他的畫作常常是藝考生中的佼佼者,“老師甚至建議我參加藝考”。

“我和Antonia Monteiro很聊得來,她給了我廣闊的天地讓我發(fā)揮。我在這做了四年博士、一年博后,無論是精神上還是經濟上,Antonia都很支持我,研究經費支持力度很大,討論問題也能產生共鳴,”田申忍不住對導師表達感謝,“直到畢業(yè),我和她仍然聯(lián)系緊密”。

今年10月,田申拿到了美國杜克大學的Hargitt fellowship,現(xiàn)在在Anyi Mazo-Vargas實驗室繼續(xù)做關于蝴蝶研究的博士后研究工作。田申說,“我希望(未來)建立自己的實驗室,繼續(xù)做喜歡的研究工作。”

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評論
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田申跨越四國求學,歷經波折仍不忘初心,最終將科研成果發(fā)表在頂級期刊Science上。他的經歷告訴我們,只要心中有夢,堅持不懈,就能創(chuàng)造屬于自己的輝煌。
2024-12-25
臭皮匠心
學士級
田申的故事是一個關于堅持、創(chuàng)新和合作的勵志故事。他的研究成果不僅在科學上具有重要意義,也為所有追求科研夢想的人提供了寶貴的經驗和啟示。希望更多的年輕科研人員能夠從中獲得啟發(fā),勇敢追夢,不斷探索未知的世界。
2024-12-25
高高雁
大學士級
有志者事竟成,路雖遠行必達,事難辦做必成,科學技術推廣亦是如此。
2024-12-25